WSUSサーバのHDDが容量不足に陥ってしまった場合の対処方法です。
WSUSサーバで他サービスも実行していたので、そちらにも影響が… 

WSUS2までは下記のコマンドを実行することで、
不要ファイルの削除等ができました。
Wsusutil deleteunneededrevisions

WSUS3からはこちらのコマンドは廃止されており、
WSUS管理コンソールから【オプション】→【
サーバー クリーンアップ ウィザード】とクリックします。
01



Windows Server 2012テクノロジ入門 (TechNet ITプロシリーズ)
山内 和朗
日経BP社
売り上げランキング: 18,080
削除するデータにチェックをつけ、【次へ】をクリックします。
02

クリーンアップが開始されます。
(データ量によっては時間がかかります。)
03

 【完了】をクリックします。
04
 
こちらで約1.7GB程容量が確保できました。

HDD空き容量が0の場合、WSUS管理コンソールへの接続も不可能となってしまうので
対処後は、HDD増設やWSUSサーバ移動等を実施したほうがいいと思います。